آزمایشگاه میکروبیولوژی کنترل مرکزی، مرکزی تخصصی بوده که در سال ۱۳۷۷ بطور رسمی شروع به کار نمود. این آزمایشگاه با تکیه بر دانش فنی روز، تجهیزات مدرن آخرین روشهای کنترل کیفیت میکروبیولوژی را اجرایی نموده و توانسته است کاملترین دامنه کاری سازمان ملی استاندارد و سازمان غذا و داروی ایران را در زمینه های غذایی، آرایشی و بهداشتی، شیمیایی و دارویی احراز نموده و اعتماد بخش دولتی و خصوصی را به خود جلب نماید
آزمایشگاه کنترل کیفیت میکروبیولوژی، علاوه بر موارد فوق بعنوان تنها آزمایشگاه قانونی کشور در ارزیابی انطباق با فاماکوپه آمریکا و بریتانیا، توانسته است تمامی روشهای قانونی و رسمی فارماکوپه ها را اجرایی نموده و با اعلام مطابقت یا عدم مطابقت، جایگاه قابل قبولی در عرصه ملی و بین المللی کسب نماید. کسب جایگاه آزمایشگاه همکار CTPA یکی از افتخارات این آزمایشگاه بشمار می رود که موجب اعتماد مشتریان در کشورهای مختلف شده است.
در این آزمایشگاه انواع آزمایش‌های مربوط به شناسایی مواد ضدمیکروبی گیاهی و شیمایی، شامل اسانس‌ها، عصاره‌ها و مواد خالص نگهدارنده، نانو مواد و مواد سنتتیک انجام شده و گزارش ایمنی میکروبیولوژی مورد تایید سازمان غذا و دارو صادر می شود. آزمایش‌های دیسک دیفیوژن و تعیین MIC و MBC از جمله آزمایش‌هایی هستند که به شکل روزانه در این آزمایشگاه انجام می‌شوند. مجموعه‌ای شامل 25 سویه‌ی بیماریزای مختلف (از 18 گونه‌ی باکتریایی) از منابع مختلف هم‌چون سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی ایران و برخی مراکز همکار داخلی و خارجی تهیه شده و به این منظور استفاده می‌شود.